ছাত্রজীবন থেকেই ইসহাক খন্দকার হকপন্থী হওয়ার অপরাধে নানান স্বৈরাচারী শাসকের রোষানলে পড়েন। স্বৈরাচারী এরশাদের বিরুদ্ধে আন্দোলন করায় তিনি নির্যাতনের শিকার হন। ১৯৯২ সালে ঘাদানিক প্রতিষ্ঠা হলে তিনি আওয়ামীলীগ ও বাম সন্ত্রাসীদের দ্বারা নির্যাতনের শিকার হন। ১৯৯৬ সালে আওয়ামী আমলেও সন্ত্রাসীরা তাকে অত্যাচার ও নির্যাতন করে।

তবে ইসহাক খন্দকার ভয়াবহ নির্যাতনের মুখোমুখি হন ফ্যসিস্ট হাসিনা সরকারের আমলে। ২০১৩ সালে তার পরিবার নোয়াখালী থেকে হিজরত করতে বাধ্য হয়। তার বড় ছেলেকে পুলিশ গুলি করে জীবন হুমকির মুখে ফেলে দেয়। ছোট ছেলেকে ছাত্রলীগের সন্ত্রাসীরা নির্যাতন করে। ২০১৪ সালে পুলিশ ইসহাক খন্দকারকে ধরে নিয়ে গিয়ে দুই পায়ে গুলি করে এবং আওয়ামী লীগপন্থী ডাক্তারের সহযোগে তাকে পঙ্গু করে দেওয়ার ষড়যন্ত্র করে। সবশেষ তাঁকে নোয়াখালী থেকে বের করে দেওয়ার জন্য বান্দরবন ট্রান্সফার করে। এতেও তারা ক্ষান্ত হয়নি। তাঁর বিরুদ্ধে মিথ্যা অভিযোগ এনে চাকুরি থেকে সাসপেন্ড করে।

ইসহাক খন্দকারের এই রাজনৈতিক পথ ছিল কাঁটা বিছানো, রক্তে রাঙানো। ইসহাক খন্দকার তাঁর হকপন্থী অবস্থানের কারণে বারবার বিভিন্ন স্বৈরাচারী শাসকের রোষানলে পড়েছেন। স্বৈরাচারী এরশাদের বিরুদ্ধে আন্দোলনে তিনি তীব্র নির্যাতনের শিকার হন। ১৯৯২ সালে ঘাদানিক প্রতিষ্ঠা হলে তিনি আওয়ামী লীগ ও বাম সন্ত্রাসীদের দ্বারা শারীরিক ও মানসিকভাবে লাঞ্ছিত হন। ১৯৯৬ সালে আওয়ামী লীগ সরকারের আমলেও সন্ত্রাসীরা তাঁকে অত্যাচার ও নির্যাতন করে। কিন্তু সমস্ত পূর্ববর্তী নির্যাতনকে ম্লান করে দেয় ২০১৩ সালের পর তাঁর উপর নেমে আসা ফ্যাসিবাদী সরকারের ভয়াবহ নিপীড়ন।

তাঁর পরিবারকে নোয়াখালী থেকে হিজরত করতে বাধ্য করা হয়। তাঁর বড় ছেলেকে পুলিশ নির্মমভাবে গুলি করে, যা তার জীবনকে হুমকির মুখে ফেলে দেয়। ছোট ছেলেকে ছাত্রলীগ সন্ত্রাসীরা অমানুষিক নির্যাতন করে। ২০১৪ সালের এক কালো দিনে, পুলিশ ইসহাক খন্দকারকে ধরে নিয়ে গিয়ে তাঁর দুই পায়ে গুলি করে এবং আওয়ামীপন্থী ডাক্তারদের সহযোগিতায় তাঁকে চিরতরে পঙ্গু করে দেওয়ার ঘৃণ্য ষড়যন্ত্র করা হয়। এরপরও তাঁর উপর থেকে নির্যাতন থামেনি; তাঁকে নোয়াখালী থেকে বিচ্ছিন্ন করার জন্য বান্দরবান সরকারি উচ্চ বিদ্যালয়ে বদলি করা হয়। এখানেই শেষ নয়, তাঁর বিরুদ্ধে মিথ্যা অভিযোগ এনে চাকরি থেকে সাসপেন্ড করা হয়। এক সংগ্রামী শিক্ষকের কর্মজীবনের উপর নেমে আসে চরম আঘাত। কিন্তু এত জুলুম-নির্যাতনও তাঁর আদর্শিক মেরুদণ্ডকে বিন্দুমাত্র বাঁকাতে পারেনি।